תפקיד שואב רפש לאקווריום הוא להוציא את הרפש והליכלוך מתחתית האקווריום ומתוך החצץ. ישנם כמובן גם שואבי רפש חשמליים. שואב הרפש פועל כמו שואב אבק, הוא מערבל את החצץ בעזרת המים ומוציא רק את הליכלוך מתוכו. שואב רפש רגיל פועל ע"פ עקרון "כלים שלובים"ע"י שאיבת המים באמצעות כח הכבידה למקום נמוך יותר, כמו דלי.
* מומלץ לבצע החלפות ומים ושאיבת רפש פעם בחודש כדי לשמור על האקווריום נקי.